食品快速檢測的運用，增強了對流通環節食品安全隱患的發現能力，提高了監管和執法效率。但由于基層工商在開展食品快速檢測工作的時間較短，加之相關專業力量的不足，以及食品快速檢測技術本身存在的局限性，使得基層工商在食品安全快速檢測工作中也顯露出一些問題。
　　
　　當前食品快速檢測工作存在的問題
　　
　　食品快速檢測的能力、范圍有限。目前，食品快速檢測主要依托基層分局的食品檢測員和食品快速檢測箱來進行。但是，食品快速檢測箱所能檢測的項目和食品種類有限，許多影響食品安全的隱患，如是否添加了禁止加入的添加劑等無法給出相對確定的結論。
　　
　　食品快速檢測的精準度、效力不足。按照法律、法規的規定，快速檢測結果不具有執法依據的效力，只有檢驗機構出具的正式的檢測報告才能作為執法依據。有時甚至會出現一些快速檢測結果與檢驗機構檢測結果完全相反的結論，形成快速檢測結果的“假陽性”、“假陰性”現象。快速檢測的結果不具有法定效力和準確度不足，在一定程度上影響了基層開展檢測工作的積極性。
　　
　　食品快速檢測的針對性、效率不高。當前，基層工商食品快速檢測工作，仍然處于“初級階段”，廣種薄收，針對性不強，效率不高。一方面一些食品在進入流通領域前，相當一部分已經由質監、農業等部門檢測合格，如預包裝食品、饅頭等米面制品、豬肉等肉類產品，工商部門再次對其進行檢測只是在重復其他部門已經進行過的檢測，作用不明顯。而對一些現制現售、水發產品等主要需要由流通領域負責監管的食品的檢測，在總體檢測力量有限的情況下，不可避免地被削弱了。造成了檢測力量的浪費，出現了對部分食品未能盡到監管責任的現象。
　　
　　食品快速檢測中問題的成因分析
　　
　　人員技能因素。食品快速檢測是一項技術要求相對較高的工作，目前基層的食品監管人員與完全承擔起該項工作還存有一定的差距。食品工程作為一門學科，需系統學習才能較好掌握，而目前承擔檢測任務的，往往是基層一線經過臨時短期培訓的監管人員，他們同時還要負責日常巡查監管、違法行為的查處等多項工作，難以有更多的時間和精力系統地學習相關的專業知識。
　　
　　技術設備因素。由于設備簡化，環境開放，檢測結果易受干擾，往往出現“假陰性”和“假陽性”現象。因此，快速檢測結果不能直接用做最后結論，主要用于對大量待檢樣品進行初步篩查，快速掌握待檢樣品的大致質量狀況，從中挑選出可能存在質量問題的食品用于進一步的實驗室檢測，減少實驗室檢測量，是傳統檢測方法的輔助手段。
　　
　　經費不足因素。目前，基層分局沒有專門用于食品檢測的經費預算開支，一些地方政府也沒有給工商機關依法核撥食品安全監管經費，一些檢測試劑保質期短，價格昂貴，易損耗，在一次性配備檢測設備后，日常快速檢測工作需要經常性的添加購置相關的試劑、藥劑。致使基層分局食品快速檢測工作成了無米之炊，影響了快速檢測工作的正常開展。
　　
　　體制機制因素。在食品檢測上，諸如不同種類的食品以及食品的不同項目應由哪些部門為主進行檢測，各部門進行的檢測結果在多大范圍內應相互承認可不予重復檢測，經檢測的食品的名稱、批次，檢測的結果等信息如何在各相互關聯的監管部門間及時傳遞等問題都未能予以明確。
　　
　　完善食品快速檢測工作的建議
　　
　　嚴格制度規范。一是嚴格按照法律法規和上級的要求，建立一整套符合實際、嚴密規范的檢測程序和制度，實際抽檢中嚴格按照操作程序規范運作。二是完善快速檢測設備的配置。針對現有設備中存在的缺陷和問題進行改進、改造，提高快速檢測儀器、試劑的實用性、準確性和權威性。三是建立經費保障制度。積極爭取地方政府食品安全專項資金的投入，盡快實現食品快速檢測設備、試劑及易耗品的及時更新補充和檢測經費的充分保障。
　　
　　提高專業水平。一是加強專門人才引進力度，充實監管隊伍。二是實行食品監管崗位的專職化。以縣級局食品監管科為核心，以食品專業人員為基礎，組成專職負責食品安全監管的工作力量，建立食品快速檢測室，真正形成“基層采樣,集中檢測”的快檢機制，提高檢測操作的專業性和檢測結果的準確性。
　　
　　加強部門協調。進一步完善食品安全分段管理大框架下的各項具體制度。在抽檢品種上，根據食品的安全隱患產生時間、特點等因素，合理劃分不同部門應主要負責檢測的食品種類，避免重復檢測；在工作制度上，構建相互之間檢測信息的告知和采信的各項程序規范，實現各部門間協作的制度化、規范化；在技術保障上，建立以地方政府為中心的信息網絡，統一數據規范，實現各部門的檢測數據實時傳輸、資源整合。以此實現責任歸屬明確，部門銜接順暢，監管快捷高效。